立法与管理方式不同。国外自由港或自由贸易区的设立是国家行为，是由国家立法机关通过国家法律加以确定；而我国的保税区等特殊监管区域则由国务院决策，经国家海关总署批准设立，缺乏全国统一性立法。国外自由港或自由贸易区的经营管理以企业主导型为主，而我国的保税区等特殊监管区域则以政府主导型为主。

    目的与功能有差异。国外自由港或自由贸易区的设立，是最大限度地获取国际自由贸易给区域经济带来的实际好处；而我国保税区等特殊监管区域的目的更侧重于吸引外资、发展外向型经济。自由港与自由贸易区在功能上包含有对外贸易及转口贸易、工业、金融、旅游等多方面；而保税区等特殊监管区域只具有保税仓储和商品展示、出口加工、转口贸易等有限功能。

    海关监管方式不同。自由港或自由贸易区是划在关境以外，准许外国商品豁免关税自由进出的特殊区域；而我国保税区等特殊监管区域均为海关监管的区域，是受海关监督的特殊地区。