海关特殊监管区域十几年的发展历程，从保税区到出口加工区，再到保税物流园区、保税物流中心和保税港区，是对特殊监管区域功能认识的不断深化和监管手段的不断更新。虽然在现阶段，不同的区域有着各自的定位，从发展趋势看，把各个特殊区域的功能进行整合，将是特殊区域发展的前景。

    我国进出口贸易将持续高速增长，在客观上就要求国家采取更为便捷的口岸管理方式。而关税以及其他一些与货物进出口有关的管理政策，在相当长的时期内会继续存在，作为大陆国家，一般只可能划定部分区域实行特殊政策。因此，即使未来海关特殊监管区域与区外的政策落差将逐步缩小，但该区域必将长期存在，且不断发展。随着监管理念，监管手段的革新，特殊监管区域面积的扩大，将在沿海发达地区出现真正意义上的一线开放、二线管住、贸易投资便利、各种功能齐全的开放试验区。鉴于我国区域发展不平衡以及各地区在经济区域布局的差异，相当一段时间内，我国海关特殊监管区域将是多种层次并存。

    一、保税区是最早的海关特殊监管区域，如何在现有的环境中寻找突破和发展。保税区改革转型成为具有加工、保税物流在内的，多功能、符合国际惯例要求的自由贸易区。未来发展可能有两种选择，一种是大部分保税物流园区附加出口加工功能，最终发展成为自贸区，另一种是部分保税物流园区因经济腹地加工制造需求不高，仅保留物流功能，最终定位于以国际物流为主的保税物流园区。当出口加工区被赋予保税物流功能，使得政策已经占据优势的出口加工区在功能上也有了关键性的拓展，保税区必然会面临更为严峻的发展竞争。现阶段，保税区和出口加工区功能各有侧重，在对外经济总量不断扩大的背景下，竞争虽然会加剧，但仍然会有各自的发展空间。

    二、全国已经批准了57家的出口加工区，发展中面临的问题具有自身的特点。发展不均衡是出口加工区最突出的特点。以上海为例：上海市现有四个出口加工区，其中松江和金桥是第一批批准，漕河泾、闵行则是第二批批准。就目前的运行情况来说，松江的进出口额居全国第1位，金桥居第16位，漕河泾排行第3,闵行则是倒数第2。研究表明，出口加工区发展与区域经济的协调发展程度及其综合贡献度较低。至2005年9月，已封关运作的34个出口加工区中，进驻的内资项目仅相当于同期引进外资项目的14.3％，投入的内资资本仅相当于同期外资投入资本总额的3.73％。另一方面区外配套产业链中外源型经济占据主导地位，与内源型经济之间存在断层，对地方税收贡献较低。同时由于出口加工区投资巨大，对地方财政的长期负担能力提出严峻挑战。

    从产业上来说，各出口加工区产业同构现象严重，资源竞争激烈。出口加工区在布局和产业定位方面缺少总体发展规划，造成区域分布的不均衡和产业同构严重。另一方面，部分出口加工区选址缺乏科学的规划，导致未能从比较优势出发形成特色产业，影响了出口加工区的可持续发展。出口加工区基本上是大进大出的加工贸易，相当部分处于简单加工和配套组装的发展阶段。对国内中上游产业带动有限，对产业结构升级作用小。部分高新技术、深加工产品的加工过程短暂，增值不高。出口加工区中长期发展必须服从并服务于国家和区域发展的总体战略目标，实现与区域经济全面增长的协调。要力争将出口加工区建设成为我国先进制造业的集聚地、加工贸易转型升级的先导区和规范管理的示范区。充分发挥出口加工区对区域经济发展的带动作用，才能最终完成其在我国实现工业化进程中的历史使命。

    三、2005年6月22日，国务院批准设立我国第一个保税港区--上海洋山保税港区，该区已于同年11月正式封关运作。今年5月国务院又批准设立天津东疆保税港区。保税港区叠加了保税区、出口加工区、保税物流园区乃至港口码头通关的各项政策和功能，借鉴国际通行做法，重点发展国际中转、国际配送、国际采购、国际转口贸易和出口加工等业务。保税港区拥有港口作业、保税物流、保税加工等交织融合的功能。在我国的海关特殊监管区中，是目前我国国情下政策最开放、功能最强大、层次最高级的海关特殊监管区。保税港区与自由贸易港还是有所区别的，保税港区并不是具有"境内关外"特点的区域。保税港区将积极探索海关特殊监管区域管理制度的创新，将是我国海关特殊监管区向自由贸易港转型的试验田。